游戏故事开始之前14年，在美国中部的临湖小镇寂静岭，一个阴谋正在酝酿当中。由于寂静岭自南北战争起冤魂太多，当地人就有崇拜邪魔samael的传统。当地的一个秘密邪教在一叫dahlia的老女巫的策划下（主要成员是dahlia，当地医院的医生柯夫曼），用仪式来使一名具有邪魔力量的婴儿诞生–而那婴儿就是dahlia的亲生女儿阿蕾莎alesa。

可是仪式的结果却是阿蕾莎只获得了一半的邪魔魔力。dahlia的仪式虽然失败，但她并不甘心，百般劝诱7岁的阿蕾莎把神力给她。聪明的阿蕾莎知道母亲不怀好意，所以总是婉言相拒。dahlia于是采用了极端手段，和柯夫曼一起将阿蕾莎反锁在湖边的小房子里并放火烧房，这场大火使得半个寂静岭被烧毁。在大火中阿蕾莎严重烧伤，并被下咒处于濒死状态，转移到当地的医院的秘密地下看护所看护起来（看护她的就是美丽的护士丽莎）–这样做是因为dahlia认为可以用对肉体折磨的办法唤醒阿蕾莎体内的魔力，但是即使这么做也毫无结果。

7年后，邪教出于无奈于是举行第二场仪式，让具有另一半魔力的孩子降生。护士丽莎出于阿蕾莎的悲惨遭遇和自身的正义感设法将孩子偷偷带出医院，藏匿于郊外，结果这孩子被主角哈瑞和女友游玩时捡到，取名叫雪丽(cheryl)，成了他的养女。丽莎的行为被柯夫曼发觉，最终被杀。

又过了7年，dahlia终于察觉到了雪丽的行踪，于是施法将她召唤到寂静岭来，同时也“召”来了哈瑞。她在哈瑞的必经之路上制造了阿蕾莎7岁的幻象，结果使得哈瑞的车子出了意外（但她没想到还“带”来一个临镇的女警察希碧儿），哈瑞本人因此昏迷。dahlia于是施法将昏迷的哈瑞、雪丽以及希碧儿还有柯夫曼（因为他们有协定平分魔力）的魂魄都拉入她所创造的“寂静岭”幻境中–一个只有白天且大雾弥漫，充满怪物但无人的世界。 与此同时，身在医院地下的阿蕾莎感到了雪丽的到来，于是运用自己的魔力也创造了一个“寂静岭”幻境（这个寂静岭总是下雨，充满了无尽的黑暗），并把自己深藏在其中以躲避她那邪恶的母亲。当然，她也感到了哈瑞的存在，所以在把雪丽接纳到自己的黑暗的寂静岭世界中后，直接用自己创造的僵尸娃娃“杀死”了哈瑞。

可是哈瑞并没有死，女巫觉得这个男的可以利用。她救了哈瑞，并把他弄到自己世界中的咖啡馆与女警察碰面。接下来她让哈瑞继续找寻线索（她也在找雪丽），没想到在学校搜寻时竟让她在那里抓到了雪丽。阿蕾莎意识到雪丽被抓，觉得为了不让dahlia得手，一定要阻止哈瑞继续搜寻（因为哈瑞一旦得到dahlia的协助很有可能找到她的所在），于是在哈瑞进入钟塔后，将学校转换成自己地狱般的黑暗世界，以此吓阻哈瑞放弃搜寻。但哈瑞的爱女之心是坚定不移的，他在摧毁了阿蕾莎在学校布下的“防线”后，继续向医院方向前进。dahlia见此情景后喜出望外，她更加觉的哈瑞能帮她抓到阿蕾莎，于是给了他一样圣物三棱魔方（这东西能使阿蕾莎的魔力消弱）。在医院，阿蕾莎再次层层设防，并将护士丽莎的灵魂现身，控制她的灵魂以此来拖住哈瑞，使他放弃找寻，–结果当然是失败了。于是情节就这么发展下去，直到哈瑞接近了阿蕾莎在公园附近真正的藏身之地时，阿蕾莎只好控制了女警察希碧儿来阻止哈瑞，却被哈瑞用在医院搞到的红色药水破解了（柯夫曼制造的）。 阿蕾莎只好现身来亲自对付哈瑞。可是她立刻被三棱魔方吸掉了全部的力量。这时，dahlia出现了（她终于利用哈瑞抓到了阿蕾莎，要是她自己进入阿蕾莎的世界来抓的话阿蕾莎只会把自己藏得更深）。她带走了阿蕾莎，以用来与雪丽合体使邪魔降临。

哈瑞也终于搞清了其实是被利用了。他只能用自己的手来了结这一切，经过一系列的冒险，在dahlia举行的仪式上，他和柯夫曼（哈瑞救了他一次，他以为dalia要独享魔力，前来阻止她）用最后一瓶红色药水将已经合体在阿蕾莎体内的邪魔驱出体外，也摧毁了其肉身。（在这一战中dahlia被邪魔杀死，得到了她应有的下场，柯夫曼也被丽莎拖入了地狱–这也是他罪有应得）。

邪魔被消灭了，阿蕾莎也不行了（被烧成重伤后她的生命全靠魔力支撑），她感谢哈瑞帮助她摆脱了母亲的魔爪，由于哈瑞失去了女儿，作为补偿给转化成一个灵魂纯洁的女婴（即寂静岭3代的主角），并给哈瑞和女警官指示了逃出自己那快要崩溃的黑暗世界的道路后死去。哈瑞和希碧儿最终逃离了寂静岭。