计算等位基因频率有两种方式，第一种用vcftool计算：

/path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq

　　很简单的一个命令行，file.vcf指的是你要输入的vcf文件，–freq表示计算等位基因频率，–chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体，当然，你也可以选择你想计算的染色体区域，filefreq指的是输出的文件名。

结果如下图所示：

plink, vcftool计算等位基因频率（allele frequency，vcf）-风君雪科技博客

第二种用plink计算：

/path/to/plink-1.07-x86_64/plink --noweb --bfile file --freq --out filefrquency

　　效果如下图所示：

plink, vcftool计算等位基因频率（allele frequency，vcf）-风君雪科技博客

.frq (basic allele frequency report)

Produced by –freq. Valid input for –read-freq.

A text file with a header line, and then one line per variant with the following six fields:

CHR

Chromosome code

SNP

Variant identifier

A1

Allele 1 (usually minor)

A2

Allele 2 (usually major)

MAF

Allele 1 frequency

NCHROBS

Number of allele observations