研究可以做得很浅，查查genecard数据库，从数据库里找找motif，用工具跑跑target gene，构建一下基因调控网络GRN。

研究也可以做得很深，了解一个物种里面有哪些transcription factor families，这些转录因子各自是如何发挥作用的，这些家族是如何归类的，各自有什么特性。

TRANSCRIPTION FACTORS: Structural Families and Principles of DNA Recognition【非常古老的综述1992年，也非常有意思，涉及了TF binding的本质，而不是浮在表面】

Arabidopsis Transcription Factors: Genome-Wide Comparative Analysis Among Eukaryotes

The Human Transcription Factors 【Cell重磅综述：关于人类转录因子，你想知道的都在这】

转录因子水基金、水paper的套路【我无意之中掌握了这些技能，这里才发现别人都在这么做】：

十分钟设计一个转录因子相关的课题，坐稳了，装个逼给你看

核心思路：通过共表达筛选candidate target genes，多重验证，然后通过promoter的TF motif binding来找到更可信的直接target genes，然后通过实验验证，一篇小项目就完成了。

完整的paper案例看这里：

转录因子(TF)研究思路，这些模式你晓得吧？（上）

更细致的调控网路分析：

Plant Physiol. | 高效全面挖掘转录因子调控网络的新策略

更深入的机制：

DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their 552 binding specificity 【Nature丨转录因子结合核小体的五种方式（全景图）】

总而言之，DNA打包到核小体上，会使转录因子更难接近DNA。而这项研究向我们展示了转录因子在困难面前，通过其他多种形式接近核小体上的DNA，获取基因组中的重要信息，控制细胞活动。这项发现给我们展现了转录因子和核小体相互作用的全景图，帮助我们去理解高等生命中DNA的解码过程，也为之后在生化水平理解转录调控奠定了基础。此外，很多人类疾病如癌症往往和转录因子的异常活性相关，所以这些发现也能帮助我们去更好地理解人类疾病的发生机制 

DNA-Binding Specificities of Human Transcription Factors

基本概念：

double-helical DNA

helix-turn-helix proteins
homeodomains
zinc finger
steroid receptor
leucine zipper proteins
helix-loop-helix proteins
metal-binding DNA-binding proteins
β3-sheet DNA-binding proteins

分子生物学是学了好几遍，但现在只是勉强知道转录因子是结合到位于基因上游启动子序列的蛋白，其他的就什么都不知道。

文章看少了，教材看少了。

转录因子

反式作用因子

TATA box

启动子

顺式作用元件：如增强字、沉默子

对转录层面的东西了解得太少了。

基因表达丰度和基因丰度
基因表达的丰度是指基因转录成mRNA的数量。
基因丰度是指基因组中该基因的拷贝数量。
基因丰度高，即这个基因的数量多，那么可能这个基因的表达量也会多，但是不一定，主要还是要看该基因的启动子强弱。所以基因丰度高不代表表达丰度也高。
基因表达丰度高是指该基因转录成mRNA多，那么表达的蛋白也多，对于表型的影响就大。

反式作用因子

顺式作用元件

待续~