一、什么是nmds分析图

nmds（Non-metric Multidimensional Scaling）分析图是一种将高维数据转换为低维数据的技术，它可以用来分析复杂的多变量数据集，特别是在生态学和生物多样性研究中应用广泛。

nmds分析图将数据集的每个样本点表示为二维或三维空间中的一个点，并尽可能地保持每个样本间的相对距离。它可以帮助人们更直观地理解数据，发现潜在的规律和相似性。

二、如何解读nmds分析图

解读nmds分析图需要关注如下几个方面:

1. 数据点的分布

nmds分析图上的每个数据点代表一个样本，不同的颜色或符号代表不同的类别或组别。通过观察它们的分布可以看出各个组别之间的相似性和差异性。

如果同一组别的点聚在一起，则说明这个组别内的样本比较相似。如果不同组别的点离得很远，则说明不同组别之间有很大的差异。

如果有一些点在边界附近，或者相邻的两个组别之间有一些点，这告诉我们这些样本可能比较难分类，或者在类别之间存在一些模糊的地带。

2. nmds分析图的轴

nmds分析图的轴表示不同维度的变量，它们是从原始数据中提取出来的。在绘制nmds图时，只显示了前两个或三个轴，因为可以将所有数据点表示为二维或三维空间中的点。

每个轴上的刻度表示这个轴所代表的变量值的大小。例如，在生态学研究中，第一个轴可能代表环境因子，第二个轴可能代表物种多样性等。

3. nmds分析图的固有价值

nmds分析图的固有价值是一种衡量构建nmds分析图的有效性的指标。它代表了nmds分析图所能解释的数据集的方差的比例。固有价值越高，说明nmds分析图对原始数据的解释能力越强。

4. 常用的nmds分析图的应用

nmds分析图在生态学和生物多样性研究中应用广泛。例如，在物种分布模式分析中，可以使用nmds分析图来分析物种之间的相似性，以及物种和环境因子之间的关系。

此外，在社会科学中，nmds分析图也经常用于分析文本数据，帮助研究人员更好地了解观察对象之间的相似性和差异性。

三、nmds分析图样例

  library(vegan)
  data(varespec)
  fit <- metaMDS(varespec)
  plot(fit)

1. 数据点的分布

图中有三种不同颜色的点，每种颜色代表不同的植物群落类型。可以看到，不同组别的点比较分散，但是同一组别的点比较聚在一起，特别是右下角的丛林群落。

2. nmds分析图的轴

图中左边的轴表示了物种多样性，右边的轴表示了草药覆盖率。这说明物种多样性、草药覆盖率这两个环境因子可能是导致植物群落类型差异的关键因素。

3. nmds分析图的固有价值

metaMDS函数默认返回stress值和固有价值。在该示例中，固有价值为0.296，表示该nmds分析图能解释数据集的29.6%的方差。