大家好,今天来介绍ucsc数据库是干什么的(已知小rna序列怎么查基因序列数据来源)的问题,以下是渲大师小编对此问题的归纳和整理,感兴趣的来一起看看吧!
常用医学中文数据库有哪几种有何特点
医学文献常用数据库:Pubmed
我常用很多跟遗传病有关的数据库,有:OMIM(人类孟德尔遗传数据库)、HGMD(人类基因突变数据库)、Clinvar(NCBI临床突变数据库)、gnomAD(人群频率数据库)、dbSNP(人群频率数据库)、InterVar(位点致病性评判)、GeneReviews(疾病数据库)、PharmGKB(药物基因组数据库)友运、常用预测软件数据好羡梁库。
跟CNV分析有关的数据:DGV(基因组变异数据库)、Decipher(拷贝数变异数据库)、ClinGen数据库(剂量敏感判断数据库)、UCSC Genome Browser(基因组浏览器)。
表型库:HPO(人类本体表型库)、CHPO
上面是我常用的数派配据库,不知是不是您问的内容,当然查文献最多还是在pubmed。
已知小rna序列怎么查基因序列数据
1、首先打开NCBI中Gene选项,输入BCL2后,点击search。
2、其次寻找基因DNA序列,如图所示,可以看到基因在染色体定位。
3、最后点击后进入以下页面,通过UCSC数据库可以查询该基因的基因组信息,蛋白质数据库UniprotKB相关信息,该基因在不同组织锋桥表达的RNA-seq数据,基因芯片数据盯基消,蛋白质功能凯知域以及结构,GO富集分析等等内容。
常用的医学数据库有哪些
常用的医学数据库如下:或信
1、sciencedirect爱思唯尔(Elsevier)是医学与其他科学文献出版社之一。爱思唯尔出版2500余种期刊,包括《柳叶刀》 、《四面体》、《细胞》。39000多种电子书籍以及诸多经典参考书如《格雷氏解剖学》等。还推出了ClinicalKey临床精钥、Embase(生物医学、药理学)检索工具。
2、PubMed 是一个免费的搜寻引擎,提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要的数据库。它的数据库来源为MEDLINE。
3、OVID Technologies公司是世界著名的数据库提供商,目前OVID平台包涵生物医学的数据库有临床各科专著及教科书、循证医学、MEDLINE、EMBASE以及医学期刊全文数据库等。
4、《美国医学会杂志》(JAMA)国际知名的医学杂志之一。《JAMA》中文版其常设栏目有:原著、综述、共识报告、特讯、医学进展、约翰霍普金森医院大巡诊、临床抉择、临床心脏病学、医学新闻与展望、述评等。
5、UpToDate临床顾问数据库是用于协助临床医生进行诊疗上的判断、决策的循证医学数据库。
6、Wiley成立于1807年,是全球最大的薯团枝学术出版商之数敏一,Wiley Online Library上有19种生物学、生命科学和生物医学的实验室指南(Current Protocols),17种化学、光谱和循证医学数据库(Cochrane Library)。
跟CNV分析有关的数据:DGV(基因组变异数据库)、Decipher(拷贝数变异数据库)、ClinGen数据库(剂量敏感判断数据库)、UCSC Genome Browser(基因组浏览器)。
tcga数据库firebrowse数据怎么分析
TCGA由NCI牵头,作为美国攻克癌计划的一个大的project,投入巨大的人力和资金,较早的进行深度测序,提供Gene expression, DNA methylation, Copy Number Variant, Mutation还有更深度的exon expression外显子测序结果,其临床数据整理的相对最完整,指标最多。在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐,但是有多个网站提供TCGA数据(包括表达和临床等)完善的整理:GDAC, Cancer Browser和cBioportal是其中整理最为完整和可靠的。GDAC由旦态尺美国MIT和Harvard共建的Broadinstitute运行,UCSC运行着Cancer Browser 和Xena, cBioportal由MemorialSloan-Kettering Cancer Cente建立,提供较为完善的TCGA数据为基础的各类信息检模高闭漏索服务。
chip seq如何确定目标基因组蛋白乙酰化
用ChIP-Seq公共数据探索组蛋白表观遗传修饰参与目标基因的调控情况逗做
在生信研究中,各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。想Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染岩指困色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,粗念是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。想而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。
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