第一、借条证明借款关系，欠条证明欠款关系。借款肯定是欠款，但欠款则不一定是借款。

第二、借条形成的原因是特定的借款事实。欠条形成的原因很多，可以基于多种事实而产生，如因买卖产生的欠款，因劳务产生的欠款，因企业承包产生的欠款，因损害赔偿产生的欠款等等。

第三、人民法院进行合法性审查时适用的法律不同。

基于借条或者欠条引起的纠纷，在诉讼过程中，人民法院要依据不同的法律对借条或者欠条载明的权利义务的合法性进行审查。由于借条是基于借贷关系而形成的，按照《中华人民共和国民法通则》第九十条关于：“合法的借贷关系受法律保护”的规定，在钱款借贷中，诸如“驴打滚”、“利滚利”等高利贷行为违反了法律、法规的禁止性规定，由此所形成的借条产生无效民事行为的法律后果，不能成为权利主体主张权利的凭证。

欠条主要发生在买卖、赊销等交易活动过程中，欠条载明的权利能否受法律保护，关键是看交易行为是否符合法律、法规的规定，违背国家禁止性规定从事的交易行为无效。如赌博负债形成的欠条依法也不能成为权利主体主张权利的凭证。

第四、在未注明偿还日期的情况下，二者的诉讼时效期间的起始时间是不同的。约定了还款期的借条和欠条，时效是一样的；没有约定还款期的借条和欠条，则是有区别的。