支付宝扣费设置流程如下：

1、打开支付宝手机APP，点击右下方“我的”；

2、点击右上角的【设置】选项；

3、就可以看到【支付设置】了；

4、点击支付设置，进入到新的页面，就可以根据需要更改你的支付习惯了。

5、设置扣款顺序，进入后可以选择花呗、银行卡、余额、余额宝，按照自己的支付习惯来设置扣款顺序；

6、免密支付/自动扣款，开通后小额支付不需要密码，扫码后会直接扣钱；

7、指纹支付或人脸支付，开通后，设置指纹或人脸，然后在付款时无需输入支付密码。