国债逆回购是需要支付佣金的，并且不同的逆回购天数收取的佣金不同，如果说在逆回购的时候成交价格过低，一旦遇到收入低于佣金的情况，那么本次国债逆回购就会亏损。另外，买卖时机不对或者交易系统故障也会导致国债逆回购亏损。